مهمترین مراجع صادر کننده مجوز فعالیت انجمن‌ها و موسسات خیریه فعال در زمینه اهداف حوزه سلامت عبارتند:

1) در سطح ملی: وزارت کشور   در سطح استانی: استانداری  درسطح شهرستان: فرمانداری

2) سازمان بهزیستی

3) پلیس اطلاعات و امنیت فراجا